Bulgaristan Prensliği'nin kurulmasından itibaren Osmanlı Bulgar ilişkilerinin odak noktasını Bulgaristan'da yaşayan Türk azınlığı oluşturmuştur. Gücü oranında Türkiye, bu bölgede yaşayan Türklerin hak ve özgürlükleri, eğitim durumları ve dini faaliyetlerinin korunması yönünde çaba göstermiştir. Ancak bölge Türkleri, genelde ağır Bulgar baskı ve zulmü altında sıkıntılı günler geçirmiş, çok büyük oranlarda Bölgeden Türkiye'ye göç olmuştur.
1989'dan sonra Bulgaristan'da şoven rejim yıkılmış demokratik hayata geçilmiştir.Böylece Türkler, tekrar adlarını kullanma, Türkçe eğitim yapma ve dini ibadetlerini yürütebilme haklarına sahip olmuşlardır.1991 seçimlerinde parlamentoya 24 milletvekili sokabilmişlerdir. Ancak geçiş döneminin de etkisiyle, müteakip yıllarda baş gösteren kaos dönemi tüm ülkede olduğu gibi Bulgaristan Türkleri arasında da sıkıntılara sebep olmuştur. 1997 seçimleri sonrası ülke nispeten huzur bulmuştur. 2000'lerde tersine göçler bile yaşanmıştır.
AB'ye girmek için ev ödevi yapan Bulgaristan Türklere hak vermiş gibi yapmış Birliğe dahil olduktan sonra Türkler eski sıkıntılı günlerine geri dönmüşlerdir. Bulgaristan Türkleri etnik anlamda bazı haklar elde etmiş olsalarda dini anlamda ülkedeki Müslümanlar yaşanan demokratikleşme sürecinden yeterince faydalanamamışladır.Bu durumda bazı sorunlara yol açmıştır. Başmüftülük konusu da bu sorunlardan bir tanesidir.
Bulgaristan'da Başmüftü ataması 1909 İstanbul Sözleşmesi ile karar altına alınmıştı. Günümüzde yürürlükte olmasa bile konuyla ilgili bir teamül oluşturması bakımından önemlidir.
Todor Jivkov döneminde ülkedeki Müslümanların Başmüftüsü atanarak göreve getirilmişti. Bu dönemde Jivkov tarafından atanan Nedim Gencev Başmüftü olarak görev yapmış ve Bulgaristan'ın istekleri doğrultusunda söz ve eylemlerde bulunmuştur. Bulgaristan'da rejim değişikliği yaşandıktan sonra ülkedeki Müslümanlar da dini ibadet ve vecibelerini serbestçe yerine getirme hakkına sahip olmuşlardır. Müslümanlar, yeni dönemde Sofya yönetimi tarafından atanacak bir müftüyü dini önder kabul etmemişler ve kendi müftülerini seçme yoluna gitmişlerdir. Ancak, Başmüftülük seçimleri 1990'dan günümüze kadar geçen sürede Bulgaristan Müslümanları için en sancılı konulardan biri olmuştur.
Demokratik dönemde Bulgaristan Müslümanları Fikri Salih'i Başmüftü seçerken Sofya yönetimi Nedim Gencev'i TAYİN etmiştir. Söz konusu durum 5 yıl devam etmiş çift başlılığın önüne geçmek için Müslümanlar bir Kongre toplamışlar ve tüzük değişikliği ile bu durumu ortadan kaldırmışlardır. 1997 yılında yapılan Kongre'de Mustafa Hacı Aliş Başmüftülüğe seçilmiştir. 2000 yılına kadar görevde bulunan Aliş döneminde, Müslümanlar, sadece ulusal platformda değil uluslar arası platformda da Başmüftülük seçimleri için mücadele vermişlerdir. Müslümanların AİHM'ne açtıkları dava 26 Ekim 2000 tarihinde sonuçlanmış ve Müslümanlar haklı bulunmuştur. AİHM'nin kararına göre Bulgaristan'da halen yürürlükte bulunan Din Kanuna göre, ülkedeki farklı dinler kendi liderlerini seçme hak ve hürriyetine sahiptir. Bulgaristan Anayasası'nın 13/3 maddesinde belirtilen ülkedeki geleneksel dinin Hiristıyan-Ortodoks olarak değerlendirildiği yönündeki ifadeye paralel olarak, Din Kanunu'nda Ortodoks kiliseye geniş imtiyazlar verirken; söz konusu imtiyazlar diğer dinlere tanınmamıştır. Ayrıca söz konusu kanuna göre, Müslümanlara kendi dini liderini seçme serbestliği verilmiş olsa da, fiilen bunun işlevselliğini görmek mümkün olmamıştır.
Başmüftülük meselesi ile ilgili yasal haklarını korumaya kararlı azınlık mücadelesini sürdürmektedir. Düzenledikleri yürüyüşlerle, imza kampanyalarıyla ve basın açıklamalarıyla protestolarını dile getirmektedirler.
Bu konuda Türkiye'den destek daha ziyade Balkan göçmenleri örgütlerinden gelmiştir. Basında maalesef çok fazla yer almamıştır. Dışişleri Bakanı Ahmet Davutoğlu'nun Başmüftüyü ziyareti sembolik kalmıştır. Oradaki Türkler "haklı davalarında" "haklı olarak" Türkiye'nin daha çok desteğini beklemektedirler. Bu sorun Bulgaristan'ın iç sorunu gibi gösterilmeye çalışılsa da vicdan ve inanç özgürlüğü ile ilgili bir konu olduğu için doğrudan doğruya temel insan hak ve hürriyetleri ile ilgilidir. AB'ye üye bir ülkede hangi inançtan olursa olsun bu tür sorunların yaşanmaması gerekir.
Ama nedense bir başka AB'ye üye ülke olan Yunanistan'da benzer sorunlar yıllar içerisinde yaşanmıştır. Türk azınlık 1990 yılında İbrahim Şerif'i 1992'de ise Mehmet Emin Ağa'yı müftü seçmiş ve arkasından hükümetten seçilmiş müftüleri tanımasını istemiştir. Ancak bu konuda olumlu bir cevap alınamadığı gibi yasal yollarla seçilen müftüler "sahte müftülük iddiasında bulunmak" ithamı ile yargılanmışlardır. Ağa fiziksel olarak da saldırılara uğramış ve yaralanmıştır. Aleyhinde açılan dava sonucu mahkum edilen Ağa sağlık sorunları nedeniyle bırakılmıştır.
AB üyesi olmayan Türkiye'de azınlıkların dini özgürlükleri ise hiçbir sınıra tabii değil. Lozan Anlaşmasına göre patriğin Türk vatandaşı olması gerekirken böyle olmadığı zamanlarda ABD araya girerek istenilen kişinin Türk vatandaşlığına alınmasını sağlamıştır. Patrikhane Sen Sinod Meclisi'ne yabancı metropolit atama rahatlığını gösterebilmektedir. Bütün bunlara ne İçişleri Bakanlığımız ne de Dışişleri Bakanlığımız bir tepki göstermemişlerdir. Üstelik sayın Başbakanımız Recep Tayyip Erdoğan 14 Mayıs 2010 tarihinde Yunanistan gezisi sırasında yaptığı basın toplantısında bu konuya çok pratik bir çözüm önerisinde bulunmuş bunları Türk vatandaşlığına alabiliriz demiştir. Sayın Başbakanımız aynı toplantı patriğin "ekümeniklik" iddiasından hiç bir rahatsızlık duymadığını da ifade etmiştir. AB'ye üye olmamak böyle bir şey herhalde.
