21. Yüzyıl Türkiye Enstitüsü içerisinde faaliyet gösteren merkezlerden biri olan Avrupa Birliği Araştırmaları Merkezi, Avrupa bütünleşmesini ve Türkiye'nin bu bütünleşmedeki yerini bilimsel ilkeler doğrultusunda ve güncel gelişmeler ışığında analiz etmeye çalışmaktadır. 1990'lı yılların ortalarından itibaren Türkiye-AB ilişkilerinin niteliği ekonomi konularından siyaset ve güvenlik konularına doğru ciddi bir geçiş yaşamıştır. Bu geçişle birlikte AB'nin Türkiye üzerindeki yoğun etki süreci de başlamış, fakat bu etki, ilişkileri, ilkesini kaybetmiş ve Türkiye'yi diğer aday ülkelere uygulanmaya çalışılan standart muameleden uzaklaştıran bir zemine taşımıştır. İlişkiler, iki taraf için de olumsuzluğa ve belirsizliğe doğru ilerlemiştir. Bu koşullar altında, Türkiye-AB ilişkilerinin yeniden yapılandırılmış, hukuki temeli olan yeni bir ortaklık sürecine taşınmasına ihtiyaç doğmuştur. Avrupa Birliği Araştırmaları Merkezi, yeni ortaklık sürecinin nasıl yapılandırılabileceğine yönelik kapsamlı öneriler sunan bilgilendirici çalışmalar yapmaktadır. Bu çerçevede önde gelen önerilerinden biri, Türkiye-AB ilişkilerinin, “Geliştirilmiş Serbest Ticaret Bölgesi” zemininde de yürütülebilecek olmasıdır. Merkez, bu gibi çalışma ve önerileri, siyasi, bürokratik ve akademik kesimlerde dikkate alındığı sürece taraflar arası ilişkilerde kontrolün sadece AB elinde olmasını engelleyebilecek, Türkiye'nin de ilişkilerin seyrini belirleme gücü ve yeni ortaklıkları karşılama potansiyelini artırabilecek unsurlar olarak görmektedir.